നക്‌സലൈറ്റ് നേതാവ് വര്‍ഗീസിന്റെ മരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ദുരൂഹതകള്‍ നീങ്ങി. വര്‍ഗീസ് കൊടും കുറ്റവാളിയായിരുന്നുവെന്നും പോലീസുമായുള്ള ഏറ്റുമുട്ടലിലാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടത് എന്നും നേരത്തേ പറഞ്ഞ സര്‍ക്കാര്‍ അതു തിരുത്തി. വര്‍ഗീസിന്റെ മരണത്തെക്കുറിച്ച് ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് ഹൈക്കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ സത്യവാങ്മൂലം പിന്‍വലിച്ചു പുതിയതു നല്‍കുമെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ തന്നെയാണ് വ്യക്തമാക്കിയത്. വയനാട്ടില്‍ നടന്ന വ്യാജ ഏറ്റുമുട്ടലിലാണ് വര്‍ഗീസിനെ കൊലപ്പെടുത്തിയതെന്നും തങ്ങള്‍ക്കു നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കണമെന്നും ആവശ്യപ്പെട്ടു ബന്ധുക്കള്‍ ഹൈക്കോടതിയില്‍ ഹരജി നല്‍കിയിരുന്നു.

ബന്ധുക്കള്‍ നല്‍കിയ ഹര്‍ജിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് 2016 ജൂലൈയില്‍ സര്‍ക്കാര്‍ സത്യവാങ് മൂലം നല്‍കിയത്. 1970 കളിലെ നിരവധി കൊലപാതക, കവര്‍ച്ചാ കേസുകളിലെ പ്രതിയായിരുന്നു വര്‍ഗീസെന്നും പോലീസുമായുള്ള ഏറ്റുമുട്ടലിലാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടതെന്നുമാണ് സര്‍ക്കാര്‍ അറിയിച്ചത്. ഈ സത്യവാങ്മൂലത്തോടൊപ്പം വര്‍ഗീസിന്റെ കുടുംബത്തിനു നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കാനാവില്ലെന്നും പിണറായി വിജയന്‍ സര്‍ക്കാര്‍ വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. വര്‍ഗീസിനെ പോലീസ് വെടിവച്ചു കൊലപ്പെടുത്തുകയായിരുന്നുവെന്ന് കോടതി കണ്ടെത്തിയിരുന്നു.
വര്‍ഗീസ് കൊല്ലപ്പെട്ടത് ഏറ്റുമുട്ടലില്‍ അല്ലെന്നും ബന്ധനസ്ഥനാക്കി കൊലപ്പെടുത്തുകയായിരുന്നുവെന്നും പോലീസ് കോണ്‍സ്റ്റബിള്‍ രാമചന്ദ്രന്‍ നായര്‍ 1998ല്‍ വെളിപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. വര്‍ഗീസ് കൊടുംകുറ്റവാളിയാണെന്ന അഭിപ്രായത്തില്‍ ഉറച്ചു നില്‍ക്കുന്നുണ്ടോയെന്നു കഴിഞ്ഞ നിയമസഭാ സമ്മേളനത്തില്‍ റോജി എം ജോണിന്റെ ചോദ്യത്തിനു മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി മറുപടി നല്‍കിയിരുന്നില്ല.