അഴിമതിക്കാര്‍ക്ക് ജേക്കബ് തോമസ് തലവേദനയെന്നതില്‍ തര്‍ക്കമില്ല. അതാണ് അദ്ദേഹത്തെ തെറുപ്പിക്കാന്‍ രാഷ്ട്രീയം മറന്ന് പലവൈരികളും ഒന്നിച്ചത്. എന്നാല്‍ അതെല്ലാം ഗൂഡനീക്കങ്ങളായിരുന്നു. വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ ജേക്കബ് തോമസിന്റെ രാജിക്കത്തില്‍ വരെ കലാശിച്ച ആരോപണങ്ങള്‍ അടിസ്ഥാനരഹിതമാണെന്ന് ധനവകുപ്പിന്റെ രേഖകള്‍. ജേക്കബ് തോമസ് തുറമുഖ ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തിരിക്കെ ക്രമക്കേടുകള്‍ നടത്തിയെന്ന് ധനവകുപ്പ് പരിശോധനാവിഭാഗം കണ്ടെത്തിയെന്ന് പറയുന്ന റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ ഒരിടത്ത് പോലും ജേക്കബ് തോമസ് കുറ്റക്കാരനാണെന്ന് പറയുന്നില്ലെന്നും റിപ്പോര്‍ട്ട് ചെയ്യുന്നു.
കെല്‍ട്രോണ്‍, സിഡ്‌കോ തുടങ്ങിയ സര്‍ക്കാര്‍ ഏജന്‍സികള്‍ വരുത്തിയ വീഴ്ചകള്‍ അക്കമിട്ട് വ്യക്തമാക്കുന്ന റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ ജേക്കബ് തോമസ് തെറ്റ് ചെയ്‌തെന്നോ അദ്ദേഹം സാമ്പത്തികനേട്ടം കൈവരിച്ചെന്നോ എങ്ങും പറയുന്നില്ല. യുഡിഎഫ് സര്‍ക്കാരിന്റെ അവസാന നാളുകളില്‍ മാര്‍ച്ച് ഒമ്പതിനാണ് സര്‍ക്കാരിന്റെ ധനകാര്യ പരിശോധനാ വിഭാഗം നടത്തിയ അന്വേഷണ റിപ്പോര്‍ട്ട് കൈമാറുന്നതും. റിപ്പോര്‍ട്ട് കെട്ടിച്ചമച്ചതാണെന്നും ചില ലോബികളുടെ ഇരയാണ് താനെന്നും ജേക്കബ് തോമസ് തന്നെ ഇതിനെക്കുറിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.
മൂന്നു തുറമുഖ ഓഫീസുകളില്‍ സോളാര്‍ പാനല്‍ സ്ഥാപിച്ചതില്‍ ക്രമക്കേടുണ്ടെന്നായിരുന്നു പ്രധാന പ്രചാരണം. കെല്‍ട്രോണും സിഡ്‌കോയും ഏറ്റെടുത്ത പ്രവൃത്തിയില്‍ തുറമുഖ ഡയറക്ടര്‍ കുറ്റക്കാരനല്ലെന്ന് റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നു. വലിയതുറയില്‍ തുറമുഖ ഡയറക്ടര്‍ ഓഫീസ് നിര്‍മിച്ചതിന് നേതൃത്വം നല്‍കിയത് തുറമുഖവകുപ്പ് പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറി അധ്യക്ഷനായ കര്‍മസമിതിയായിരുന്നു. ഇതിലും ഡയറക്ടര്‍ക്ക് പങ്കില്ല. കരിമണല്‍ വിറ്റ 14.45 ലക്ഷം രൂപ തിരിമറി നടത്തിയെന്ന ആരോപണവും റിപ്പോര്‍ട്ട് തള്ളുന്നു. തുക എസ്ബിടിയില്‍ നാലു ബാങ്ക് അക്കൗണ്ടുകളില്‍ സൂക്ഷിച്ചിരുന്നു. ഇത് ട്രഷറി സേവിങ്‌സ് അക്കൌണ്ടിലേക്ക് മാറ്റണമെന്നായിരുന്നു റിപ്പോര്‍ട്ടിലെ നിര്‍ദേശം.
കെല്‍ട്രോണില്‍നിന്ന് ലാപ്‌ടോപ്പുകള്‍ വാങ്ങിയതിന് ഐടി വകുപ്പിന്റെ അനുമതി തേടിയില്ലെന്നാണ് മറ്റൊരു ആരോപണം. വ്യവസായവകുപ്പിന്റെ കീഴിലുള്ള പൊതുമേഖലാ സ്ഥാപനമാണ് കെല്‍ട്രോണ്‍. നടപടിക്രമം കൃത്യമായി പാലിക്കാത്തതില്‍ പോര്‍ട്ട് ഡയറക്ടര്‍ വിശദീകരണം നല്‍കണമെന്നാണ് പറയുന്നത്. ആലുവ ട്രാവന്‍കൂര്‍ ഫോറസ്റ്റ് ഇന്‍ഡസ്ട്രീസ് ലിമിറ്റഡില്‍നിന്ന് സ്റ്റീല്‍ ഫര്‍ണിച്ചര്‍ വാങ്ങാന്‍ ഓര്‍ഡര്‍ നല്‍കിയതില്‍ പോര്‍ട്ട് ഡയറക്ടര്‍ക്കെതിരെ ഉന്നയിച്ച ആക്ഷേപത്തിലും കഴമ്പില്ലെന്ന് റിപ്പോര്‍ട്ട് പറയുന്നു.
ഗോദ്‌റെജ് കമ്പനിയില്‍നിന്ന് ഫര്‍ണിച്ചര്‍ വാങ്ങിയത് ട്രാവന്‍കൂര്‍ ഫോറസ്റ്റ് ഇന്‍ഡസ്ട്രീസായതിനാല്‍ പോര്‍ട്ട് ഡയറക്ടര്‍ കുറ്റക്കാരനല്ലെന്നാണ് കണ്ടെത്തല്‍. ഓഡിയോ വിഷ്വല്‍ ഡൈവിങ് ഉപകരണങ്ങള്‍ വാങ്ങിയതില്‍ ക്രമക്കേടുകള്‍ നടന്നെന്ന ആരോപണത്തില്‍ പോര്‍ട്ട് ഡയറക്ടറില്‍നിന്ന് വിശദീകരണം തേടിയാല്‍മാത്രം മതിയെന്നാണ് റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നത്. ഫോര്‍ക്ക് ലിഫ്റ്റുകള്‍, ക്രെയിനുകള്‍ എന്നിവ തുടങ്ങിയവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ആരോപണങ്ങളെല്ലാം റിപ്പോര്‍ട്ട് തള്ളുന്നു. ഈ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്റെ മറവിലാണ് ജേക്കബ് തോമസിനെ തേജോവധം ചെയ്യാനുള്ള നീക്കം നടക്കുന്നത്.