ജിഷയുടെ അച്ഛന്‍ പാപ്പുക്കുട്ടി മരണത്തിലും വിവാദത്തില്‍ തന്നെ. ജിഷയുടെ പിതാവാരെന്ന തര്‍ക്കവുമായി പ്രമുഖ മനുഷ്യാവകാശ പ്രവര്‍ത്തകന്‍ ജോമോന്‍ പുത്തന്‍ പുരയ്ക്കല്‍ പിപി തങ്കച്ചനെതിരെ ആരോപണം ഉന്നയിക്കുകയും ചെയ്തു. ജിഷയുടെ കൊലയ്ക്ക് കാരണമാക്കിയത് ഈ ഉന്നത ബന്ധമായിരുന്നു എന്നായിരുന്നു ജോമോന്റെ ആരോപണം.

ഈ ആരോപണത്തെ തുടര്‍ന്ന് ജോമോനെതിരെ മാനനഷ്ട കേസ് നല്‍കിയെങ്കിലും പിന്നീട് കേസില്‍ കാര്യമായ താല്‍പ്പര്യം കോണ്‍ഗ്രസ് നേതാവ് പ്രകടിപ്പിച്ചില്ല. അഡ്വ. രാംകുമാര്‍ മുഖേന കൃത്യമായ മറുപടി വക്കീല്‍ നോട്ടീസിന് നല്‍കിയതോട സംഭവം തണുത്തു. തനിക്കെതിരെ ഉന്നയിച്ച ആരോപണങ്ങള്‍ പിന്‍വലിച്ചില്ലെങ്കില്‍ ഒരു കോടി രൂപ നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടാണ് തങ്കച്ചന്‍ കേസ് നല്‍കിയച്യ ജോമോന്‍ പുത്തന്‍പുരയ്ക്കല്‍ തങ്കച്ചന് ജിഷ കൊലക്കേസില്‍ വ്യക്തമായ പങ്കുണ്ടെന്നും ജിഷ തങ്കച്ചന്റെ മകളാണെന്നും സ്വത്ത് ചോദിച്ചതിനാല്‍ തങ്കച്ചന്‍ ഇടപെട്ടാണ് കൊലപാതകം നടത്തിയതെന്ന് ആരോപിച്ചിരുന്നു. ഇക്കാര്യം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി മുഖ്യമന്ത്രിക്കും പരാതി നല്‍കിയിരുന്നു. എന്നാല്‍ പിന്നീട് കേസ് പതിയെ തണുത്തു.

അതിനിടെ അമീറുള്‍ ഇസ്ലാമിന്റെ അഭിഭാഷകന്‍ അഡ്വ. ആളൂര്‍ ഇന്നലെ നടത്തിയ വെളിപ്പെടുത്തല്‍ കേരളത്തെ ഞെട്ടിക്കുന്നതായിരുന്നു. അനാറൂല്‍ ഇസ്ലാം എന്ന അമീറിന്റെ സുഹൃത്താണ് യഥാര്‍ത്ഥ കൊലയാളിയെന്നും ഇയാളെ പൊലീസ് മര്‍ദ്ദിച്ചു കൊന്നു എന്നുമാണ് പുറത്തുവന്ന വാര്‍ത്തകള്‍. 

പാപ്പുവിന്റെ മരണത്തോടെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ അക്കൗണ്ടില്‍ എത്തിയ അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപയും ആളൂര്‍ നടത്തിയ വെളിപ്പെടുത്തലും രാജേശ്വരിയുടെ അത്യാഢംബര ജീവിതവും കൂടിയാകുമ്പോള്‍ ജിഷ കേസില്‍ വീണ്ടും ചില സംശയങ്ങള്‍ക്ക് ഇടയാക്കുകയാണ്. ഇപ്പോള്‍ കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പുറത്തുവന്നത് വെറും പുകമറകള്‍ മാത്രമാണെന്നും കേസിലെ സുപ്രധാനമായ വിവരളെല്ലാം കുഴിച്ചു മൂടപ്പെട്ടു എന്നുമാണ് ഉയരുന്ന ആരോപണം.

തങ്കച്ചന്റെ വീട്ടില്‍ ജിഷയുടെ മാതാവ് ജോലിക്ക് പോയിരുന്നെന്നും അന്നുണ്ടായ ബന്ധത്തിലാണ് ജിഷ പിറന്നതെന്നുമാണ് നേരത്തെ ജോമോന്‍ പുത്തന്‍പുരയ്ക്കല്‍ ഉന്നയിച്ച ആരോപണം. എന്നാല്‍, ഈ ആരോപണങ്ങള്‍ തങ്കച്ചന്‍ തള്ളിക്കളയുകയും ചെയ്തു. ഇതിന് ശേഷമാണ് ജോമോന് വക്കീല്‍ നോട്ടീസ് അയച്ചത്. അന്ന് പുത്തന്‍പുരയ്ക്കലിനൊപ്പം നിന്ന പാപ്പു പിന്നീട് കളം മാറുകയാണ് എന്നാണ് ജോമോന്‍ വ്യക്തമാക്കുന്നത്. ഇതിന് പിന്നില്‍ ആരുടെ സ്വാധീനമാണ് ഉള്ളതെന്നും അദ്ദേഹം ആരോപിക്കുന്നു. പാപ്പു ഏറെക്കാലം പണമൊന്നുമില്ലാതെ മരുന്നു പോലും വാങ്ങാന്‍ കാശില്ലാതെയാണ് കഴിഞ്ഞിരുന്നത്. ഇങ്ങനെയുള്ള പാപ്പുവിന്റെ അക്കൗണ്ടില്‍ ലക്ഷങ്ങള്‍ എത്തിയതിനും ദുരൂഹതകള്‍ ആരോപിക്കപ്പെടുന്നുണ്ട്.

എന്നാല്‍, പുറത്തുവന്ന വിവരങ്ങള്‍ പ്രകാരം പാപ്പു ജോലി ചെയ്തിരുന്ന വീട്ടിലെ ഉടമ അടങ്ങുന്ന ഒരു സന്നദ്ധ സംഘടനയാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ അക്കൗണ്ടില്‍ പണം നിക്ഷേപിച്ചത്. ഇങ്ങനെ പണം നല്‍കിയതിന് പിന്നില്‍ ചില അദൃശ്യകരങ്ങള്‍ ഉണ്ടെന്നാണ് ഒരു വിഭാഗം ഉന്നയിക്കുന്ന സംശയം. പാപ്പുവിനെ ആരോ വിലക്കെടുക്കുക ആയിരുന്നോ എന്ന സംശയമാണ് ഇക്കൂട്ടരുടേത്. ഇതിന് പിന്നാലെയാണ് കേസിലെ യഥാര്‍ത്ഥ പ്രതിയെ കുറിച്ചുള്ള സംശയങ്ങളും ബലപ്പെടുന്നത്. അതേ സമയം ഈ 5 ലക്ഷം രൂപയില്‍ പാപ്പു കാര്യമായൊന്നും എടുത്തിട്ടില്ല. ഇത് തനിക്കുള്ള കൊലപ്പണമാണെന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞോ എന്തോ. എന്തായാലും പട്ടിണി കിടന്നിട്ടും പാപ്പുക്കുട്ടി അഭിമാനത്തോടെ തന്നെ വിടപറഞ്ഞു.