കേരള രാഷ്ട്രീയത്തെ പിടിച്ചുലയ്ക്കുകയും കരുണാകരന്റെ മുഖ്യമന്ത്രി കസേര തെറിപ്പിക്കുകയും ചെയ്ത ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ ചാരക്കേസില്‍ 24 വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് ശേഷം നമ്പിനാരായണന് നീതി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അറസ്റ്റ് അനാവശ്യവും മാനസികമായ പീഡനവുമായി ആയിരുന്നെന്ന് സുപ്രീംകോടതി. അദ്ദേഹത്തിന് അരക്കോടി രൂപ നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കണം. അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥരായ സിബി മാത്യൂസ്, കെ.കെ ജോഷ്വാ, ഡി. വിജയന്‍ എന്നിവര്‍ക്കെതിരെജുഡീഷ്യല്‍ അന്വേഷണം നടത്തണമെന്നും സുപ്രീംകോടതി പറഞ്ഞു. ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ചാണ് വിധി പ്രസ്താവിച്ചത്. ജസ്റ്റിസ് ഡി.കെ ജയിന്റെ അധ്യക്ഷതയിലായിരിക്കും അന്വേഷണം. 

ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ (ഇന്ത്യന്‍ സ്‌പേസ് റിസര്‍ച്ച് ഓര്‍ഗനൈസേഷന്‍) യിലെ ഉ്യേദാഗസ്ഥരായിരുന്ന ഡോ. ശശികുമാരനും ഡോ. നമ്പിനാരായണനും ചേര്‍ന്ന് മറിയം റഷീദ എന്ന മാലി സ്വദേശിനി വഴി ഇന്ത്യയുടെ ബഹിരാകാശ പരിപാടിയുടെ രഹസ്യങ്ങള്‍ വിദേശികള്‍ക്ക് ചോര്‍ത്തിനല്‍കി എന്നതായിരുന്നു ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ ചാരക്കോസ്. എന്നാല്‍ റഷ്യന്‍ സാങ്കേതികവിദ്യ ഇന്ത്യക്ക് ലഭിക്കാതിരിക്കാന്‍ അമേരിക്ക നടത്തിയ ഗൂഢാലോചനയാണ് ഇങ്ങനെയൊരു കഥക്ക് പിന്നില്‍ എന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.

കുറ്റാരോപിതര്‍ക്കെതിരായ മാദ്ധ്യമ വിചാരണയുടെ ഒന്നാന്തരം ദൃഷ്ടന്തങ്ങളിലൊന്നായി ഇന്ന് വിലയിരുത്തപ്പെടുന്ന കേസ് അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന കെ. കരുണാകരന്റെ സ്ഥാന ചലനത്തിനുവരെ വഴിവെച്ചു. ദേശാഭിമാനി, കേരളകൌമുദി പത്രങ്ങളിലൂടെ ആരംഭിച്ച ചാരക്കേസ് മലയാള മനോരമയുടെ ഇടപെടലോടെ വലിയൊരു വിവാദമായി മാറുകയായിരുന്നു. ഏഷ്യാനെറ്റ് മാത്രമാണ് അന്ന് നമ്പി നാരായണനൊപ്പം നിന്നത്. 

ഈ കേസ് ആദ്യം അന്വേഷിച്ച സിബി മാത്യുവിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘം ഇതില്‍ കഴമ്പുണ്ടെന്ന് കണ്ടെത്തിയതായി അവകാശപ്പെട്ടുവെങ്കിലും പിന്നീട് നടന്ന സി.ബി.ഐ. ആന്വേഷണത്തില്‍ കുറ്റാരോപിതര്‍ക്കെതിരായി തെളിവുകള്‍ ലഭ്യമല്ലെന്ന് കണ്ടെത്തി കേസ് എഴുതിത്തള്ളുകയാണുണ്ടായത്. ചാരക്കേസില്‍ പ്രതിയായ നമ്പി നാരായണന് ഹൈക്കോടതി 10 ലക്ഷം രുപ നഷ്ടപരിഹാരം അനുവദിച്ചിരുന്നു. അത് മനുഷ്യാവകാശ കമ്മീഷന്റെ നിര്‍ദ്ദേശപ്രകാരമാണ്. 1994 നവം 30നാണ് നമ്പി നാരായണനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്.