അ​ടി​യ​ന്ത​രാ​വ​സ്ഥ​ക്കാ​ല​ത്ത്​ മി​സ ത​ട​വു​കാ​ര​നാ​യി 16 മാ​സമാണ് കോടിയേരി ജയിലില്‍ കഴിഞ്ഞത്. പിന്നീടുള്ള നീണ്ട രാഷ്ട്രീയ ജീവതം ഒരു കമ്മ്യൂണിസ്റ്റുകാരന്‍ എന്ന നിലയില്‍ ജീവിച്ച് കാണിക്കാന്‍ അദ്ദേഹത്തെ പാകപ്പെടുത്തിയത് ഈ ജയില്‍ വാസം ആയിരുന്നു. അടിയന്തരാവസ്ഥ പ്രഖ്യാപിച്ച ദിവസം തലശേരിയില്‍ കോടിയേരിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ പ്രതിഷേധപ്രകടനം നടന്നിരുന്നു. ഇതേത്തുടര്‍ന്ന് അറസ്റ്റിലായ കോടിയേരിയെ രണ്ട് ദിവസത്തെ കൊടിയ മര്‍ദ്ദനത്തിന് ശേഷം വിട്ടു. വീണ്ടും രണ്ട് ദിവസം കഴിഞ്ഞാണ് മിസ പ്രകാരം ജയിലിലടച്ചത്.

1990ല്‍ കോടിയേരിയെ തേടി ആ സുപ്രധാന പദവിയെത്തി. കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി എന്ന നിലയിലായിരുന്നു പിന്നീടുള്ള അഞ്ച് വര്‍ഷക്കാലം അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ പ്രവര്‍ത്തനം. പാര്‍ട്ടി ഒരുപാട് പ്രശ്നങ്ങള്‍ നേരിടുന്ന കാലത്ത് അതിനെ അതിജീവിക്കുന്നതില്‍ കോടിയേരിയുടെ പങ്ക് വളരെ വലുതായിരുന്നു. ആര്‍എസ്എസ് - സിപിഎം സംഘര്‍ഷങ്ങള്‍ കൊടുമ്പിരി കൊണ്ടതും കൂ​ത്തു​പ​റ​മ്പ്​ വെ​ടി​വെ​പ്പും കെ വി സുധീഷിന്‍റെ കൊലപാതകവും നടക്കുന്നത് ഈ കാലത്തായിരുന്നു.

കനല്‍ക്കാലം താണ്ടാന്‍ പാര്‍ട്ടിയെ മുന്നില്‍ നിന്ന് നയിച്ച കോടിയേരി 1995ൽ ​സി​പി​എം സം​സ്ഥാ​ന സെ​ക്ര​ട്ടറിയേറ്റിലേക്ക് തെ​ര​ഞ്ഞെ​ടു​ക്ക​പ്പെ​ട്ടു. 2002ൽ ​കേ​ന്ദ്ര ക​മ്മി​റ്റി അം​ഗ​മാ​യ കോടിയേരി 2008ൽ ​കോ​യ​മ്പ​ത്തൂ​രി​ൽ ന​ട​ന്ന പാ​ർ​ട്ടി കോ​ൺ​ഗ്ര​സി​ലാ​ണ്​ ​​പൊ​ളി​റ്റ്​​ബ്യൂ​റോ​യി​ലേ​ക്ക്​ തെ​ര​​ഞ്ഞെ​ടു​ക്ക​പ്പെട്ടത്. 2015 ഫെ​ബ്രു​വ​രി​യി​ൽ ന​ട​ന്ന ആ​ല​പ്പു​ഴ സ​മ്മേ​ള​ന​ത്തി​ൽ സം​സ്ഥാ​ന സെ​ക്ര​ട്ട​റി പ​ദ​ത്തി​ലേ​ക്ക് എത്തി.