വിവാദങ്ങളൊന്നും പി.ജയരാജന്റെ സെക്രട്ടറി കസേര തെറുപ്പിച്ചില്ല. സി.പി.എം കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ സെക്രട്ടറിയായി ജയരാജനെ വീണ്ടും തെരഞ്ഞെടുത്തു. പാര്‍ട്ടിക്കതീതനായി പി.ജയരാജന്‍ വളരുന്നെന്ന് ആരോപിച്ച് സംസ്ഥാന സമിതി അദ്ദേഹത്തെ ശാസിച്ചിരുന്നു. എന്നാല്‍ സമ്മേളനകാലത്ത് അദ്ദേഹത്തെ ശാസിച്ചതില്‍ ജില്ലാ സമ്മേളനത്തില്‍ വിമര്‍ശനം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു. ഭൂരിപക്ഷം പ്രതിനിധികളും ജയരാജനൊപ്പം നിന്നതോടെയാണ് സെക്രട്ടറി പദത്തിലേക്ക് വീണ്ടും വഴി തെളിഞ്ഞത്. എന്നാല്‍ ചില വിമര്‍ശനങ്ങളുമുണ്ടായി എന്നത് ശ്രദ്ധേയമാണ്. ആറ് പുതുമുഖങ്ങള്‍ ഉള്‍പ്പെടെ 49 അംഗ ജില്ലാ കമ്മിറ്റിയേയും തെരഞ്ഞെടുത്തു. പി.ശശിക്ക് പകരമായി 2010ലാണ് പി.ജയരാജന്‍ കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ സെക്രട്ടറിയായത്. 2012ലും 2015ലും വീണ്ടും സെക്രട്ടറിയായി. കൂത്തുപറമ്പ് ഏര്യാ സെക്രട്ടറി, ജില്ലാ കൗണ്‍സില്‍ അംഗം, ദേശാഭിമാനി ജനറല്‍മാനേജര്‍, എസ്.എഫ്.ഐ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി എന്നീ നിലകളില്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്.

പിണറായിയും കോടിയേരിയും എംവി ജയരാജനും ഇ.പി ജയരാജനും തിരുവനന്തപുരത്തേക്ക് മാറിയതിനാല്‍ പി.ജയരാജന്റെ അശ്വമേധമാണ് കണ്ണൂരില്‍ നടക്കുന്നത് എന്നായിരുന്നു ഔദ്യോഗികപക്ഷത്തെ ചിലരുടെ ആക്ഷേപം. ഇ.പി ജയരാജനാണ് ഇതിന് പിന്നില്‍ കളിച്ചതെന്ന് ആക്ഷേപമുണ്ട്. മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനും പി.ജയരാജനോട് ആത്ര താല്‍പര്യമില്ല. മുഖ്യമന്ത്രി പങ്കെടുത്ത പരിപാടിയില്‍ അദ്ദേഹത്തേക്കാള്‍ കൂടുതല്‍ കയ്യടി കിട്ടിയതാണ് പിണറായിയെ ചൊടിപ്പിച്ചത്. ജില്ലയിലെ പല പരിപാടികളിലും ജയരാജന്റെ മാത്രം ഫഌക്‌സുകള്‍ ഉയര്‍ന്നതും പലരെയും ചൊടിപ്പിച്ചു. അതിനിടെയാണ് ജയരാജനെ വ്യക്തിപൂജ നടത്തുന്ന രീതിയില്‍ ആല്‍ബം പുറത്തിറങ്ങിയത്. അത് പലരും അദ്ദേഹത്തിനെതിരെ ആയുധമാക്കുകയായിരുന്നു.