സിസ്റ്റര്‍ അഭയക്കേസില്‍ ഫാ.തോമസ് കോട്ടൂരും സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയും വിചാരണ നേരിടണമെന്ന് ഹൈക്കോടതി. അതേസമയം കേസില്‍ നിന്ന് രണ്ടാം പ്രതി ഫാ.ജോസ് പുതൃക്കിയിലിനെ ഒഴിവാക്കിയ സി.ബി.ഐ കോടതി ഉത്തരവ് ഹൈക്കോടതി ശരിവെച്ചു. അന്വേഷണം അട്ടിമറിക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചെന്ന് ആരോപണം ഉയര്‍ന്നിരുന്ന ക്രൈംബ്രാഞ്ച് മുന്‍ എസ്പി കെ.ടി.മൈക്കിളിനെ കേസില്‍ നിന്നൊഴിവാക്കി. പൊതുപ്രവര്‍ത്തകന്‍ ജോമോന്‍ പുത്തന്‍പുരയ്ക്കല്‍ നല്‍കിയ ഹര്‍ജി തള്ളിക്കൊണ്ടാണ് ഹൈക്കോടതി ഫാ.ജോസ് പുതൃക്കയിലിനെ ഒഴിവാക്കിയത് ശരിവച്ചത്. ഒഴിവാക്കണമെന്ന് ഫാ. കോട്ടൂരും സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയും വാദിച്ചെങ്കിലും കോടതി അംഗീകരിച്ചില്ല. കേസില്‍ സി.ബി.ഐ സമര്‍പ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തില്‍ ഫാ.തോമസ് കോട്ടൂര്‍, ഫാ.ജോസ് പുതൃക്കയില്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരെ ഒന്നും രണ്ടും മൂന്നും പ്രതികളാക്കിയായിരുന്നു. 

സി.ബി.ഐ കുറ്റപത്രം നല്‍കി ഒന്‍പതു വര്‍ഷത്തിന് ശേഷമാണ് ഫാ. പുതൃക്കയിലിനെ സി.ബി.ഐ കോടതി ഒഴിവാക്കിയത്. 1992 മാര്‍ച്ച് 27 നാണ് അഭയയെ കോട്ടയം ക്‌നാനായ കത്തോലിക്കാ രൂപതയുടെ കീഴിലുള്ള സെന്റ് പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്റ് കിണറ്റിലാണ് മരിച്ചനിലയില്‍ കണ്ടെത്തിയത്. കോട്ടയം ജില്ലയിലെ അരീക്കരയില്‍ അയ്ക്കരക്കുന്നേല്‍ വീട്ടില്‍ എം. തോമസിന്റെ മകളായിരുന്ന അഭയ, മരിക്കുന്ന സമയത്ത് കോട്ടയം ബി.സി.എം. കലാലയത്തില്‍ രണ്ടാം വര്‍ഷ പ്രീഡിഗ്രീ വിദ്യാര്‍ത്ഥിനിയായിരുന്നു. പതിനഞ്ചു വര്‍ഷം മുമ്പ് തിരുവനന്തപുരത്തെ ചീഫ് കെമിക്കല്‍ എക്‌സാമിനേഷന്‍ ലബോറട്ടറിയില്‍ നടത്തിയ പരിശോധനാ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ തിരുത്തല്‍ വരുത്തിയതായി ഒരു ഇംഗ്ലീഷ് പത്രം റിപ്പോര്‍ട്ട് ചെയ്തതോടെയാണ് അഭയക്കേസില്‍ വഴിത്തിരിവായത്. 

അതിനിടെ കേസ് അന്വേഷിച്ച മുന്‍ എ.എസ്.ഐ വി.വി. അഗസ്റ്റിന്‍ 2008 നവംബര്‍ 25ന് ആത്മഹത്യ ചെയ്തു. സി.ബി.ഐ ചോദ്യം ചെയ്ത അഗസ്റ്റിനെ 2008 നവംബര്‍ 25ന് കൈത്തണ്ടയിലെ ഞരമ്പ് മുറിച്ചനിലയില്‍ ചിങ്ങവനം ചാലിച്ചിറയിലെ വീട്ടില്‍ കണ്ടെത്തുകയായിരുന്നു. തന്റെ മരണത്തിന് ഉത്തരവാദി സി.ബി.ഐയാണെന്ന് പറയുന്ന നാലു വരിയുള്ള ഒരു ആത്മഹത്യാക്കുറിപ്പ് ജഡത്തിന്റെ സമീപത്തു നിന്നു കണ്ടെടുത്തിരുന്നു. അഭയ ആത്മഹത്യയുടെ ഇന്‍ക്വസ്റ്റ് തയ്യാറാക്കിയത് അന്ന് കോട്ടയം വെസ്റ്റ് സ്‌റ്റേഷനില്‍ എ.എസ്.ഐയായിരുന്നു അഗസ്റ്റിനായിരുന്നു. അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ടതിന് ശേഷം ആദ്യം പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്റിലെത്തിയ അഗസ്റ്റിന്‍ കേസ് സംബന്ധിച്ച നിര്‍ണായകമായ പല തെളിവുകളും നശിപ്പിച്ചുവെന്ന് നേരത്തെ ആരോപണം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു. പല തവണ ഇയാളെ സി.ബി.ഐ ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു. മരിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് അഗസ്റ്റിന്‍ കേസില്‍ മാപ്പു സാക്ഷിയാകാന്‍ തയ്യാറായിരുന്നു. പിന്നീട് നിലപാട് മാറ്റിയിരുന്നു. അന്വേഷണത്തിനിടെ മൊഴിയില്‍ വൈരുദ്ധ്യം ഉണ്ടെന്ന് സി.ബി.ഐ. സംഘം വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. 

സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ കൊല്ലാന്‍ മുഖ്യ പങ്ക് വഹിച്ചത് തോമസ് കോട്ടൂര്‍ ആണെന്നാണ് സി.ബി.ഐയുടെ കണ്ടെത്തല്‍. കൊലപാതകം, കൊല ചെയ്യാന്‍ പൊതുവായ ഉദ്ദേശ്യം എന്നീ വകുപ്പുകള്‍ അനുസരിച്ചുള്ള കുറ്റങ്ങളാണ് സി.ബി.ഐ. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ മേല്‍ ചുമത്തിയിട്ടുള്ളത്. സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ തലയ്ക്ക് ആദ്യം അടിക്കുന്നത് ഫാ. കോട്ടൂരാണെന്ന് സി.ബി.ഐ ആരോപിക്കുന്നു. ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂര് ബി.സി.എം. കോളജില്‍ സൈക്കോളജി വിഭാഗം അദ്ധ്യാപകനായിരുന്നു. അതിനുശേഷം അമേരിക്കയിലേക്കു പോയി. അറസ്റ്റ് ചെയ്യപ്പെടുമ്പോള്‍ ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂര്‍ കോട്ടയം അതിരൂപതാ ചാന്‍സലറായി പ്രവര്‍ത്തിക്കുകയായിരുന്നു.

സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കേസില്‍ കുറ്റകൃത്യങ്ങളില്‍ പങ്കുചേര്‍ന്ന വ്യക്തിയാണ് സിസ്റ്റര്‍ സെഫി സി.ബി.ഐ. ആരോപിക്കുന്നു. ഫാ. കോട്ടൂര്‍ അഭയയുടെ തലക്കടിച്ചപ്പോള്‍, സിസ്റ്റര്‍ പ്രേരണ നല്‍കിയെന്നാണ് കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നത്. ഫാ. കോട്ടൂരിനെയും ഫാ. പുതൃക്കയിലിനെയും ചോദ്യം ചെയ്തതില്‍ നിന്നാണ് സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്ക് കൊലയുമായി ബന്ധമുള്ള കാര്യം സിബിഐക്ക് കണ്ടെത്താന്‍ കഴിഞ്ഞത്. അറസ്റ്റ് ചെയ്യപ്പെടുമ്പോള്‍ സിസ്റ്റര്‍ സെഫി തിരുവല്ല സെന്റ് ജോസഫ് കോണ്‍വന്റിലെ അന്തേവാസിനിയായിരുന്നു.