സെക്രട്ടേറിയറ്റിൽ ഫയലുകൾ അഗ്നിക്കിരയായ സംഭവത്തിൽ പുറത്തേക്ക് വരുന്ന സംശയമുനകൾ ദുരൂഹതകളിലേക്ക് നീങ്ങുകയാണ്. പൊതുഭരണ വിഭാഗം അഥവാ പൊളിറ്റിക്കൽ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നത് യുഎഇ കോൺസുലേറ്റ് അടക്കമുള്ള നയതന്ത്ര സ്ഥാപനങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട സുപ്രധാന ഫയലുകൾ. മാത്രമല്ല മന്ത്രിമാരുടെയും വി.ഐ.പികളുടെയും വിദേശയാത്രകളും ഗസ്റ്റ് ഹൗസ് റൂം ബുക്കിങ്ങുമടക്കം അതീവരഹസ്യസ്വഭാവമടങ്ങുന്ന ഫയലുകള്‍ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന വിഭാഗം കൂടിയാകുന്നു പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ ഓഫീസ്. അതുകൊണ്ടാണ് അവിടെ പടര്‍ന്ന തീ നിലവിലെ രാഷ്ട്രീയ കാലാവസ്ഥയില്‍ നൊടിയിടകൊണ്ട് ആളിപ്പടര്‍ന്നത് എന്ന് തന്നെ നിസംശയം പറയാം.

ആയതിനാൽ തന്നെ പൊതുഭരണ പൊളിറ്റിക്കല്‍ വിഭാഗത്തിന്റെ പ്രധാന്യം ഇപ്പോള്‍ മറ്റ് വകുപ്പുകളിലേക്കാള്‍ മുന്നിൽ തന്നെ നിൽക്കുന്നു. ചീഫ് സെക്രട്ടറി നേരിട്ടാണ് ഈ സെക്ഷന്‍ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നത്. അതോടൊപ്പം തന്നെ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ മുന്‍ പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറി ശിവശങ്കര്‍ സ്വര്‍ണക്കടത്ത് കേസിലെ മുഖ്യപ്രതി സ്വപ്‌ന സുരേഷുമായി മൂന്നുതവണ വിദേശയാത്ര നടത്തിയ ഫയല്‍ തയാറാക്കിയതും ഈ സെക്ഷനില്‍നിന്നാണ്.

ഇതുകൂടാതെ തന്നെ സ്വര്‍ണക്കടത്ത് സംഭവത്തില്‍ പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ ഓഫീസറടക്കമുള്ളവരെ ദേശീയ അന്വേഷണ ഏജന്‍സി(എന്‍.ഐ.എ) ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു. ജോയിന്റ് പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ ഓഫീസറും സംഭവത്തില്‍ വിവാദത്തിലായിരിക്കുകയാണ്. യു.എ.ഇ. കോണ്‍സുലേറ്റുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യങ്ങള്‍ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതും ഈ പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ വിഭാഗമാണ്. ലൈഫ് മിഷന്റെ വിവാദപദ്ധതിയില്‍ വിദേശത്തുനിന്ന് ആളുകളെത്തി കരാര്‍ ഒപ്പിടുംമുമ്പ് അനുവാദം വാങ്ങിയിരുന്നോ എന്ന കാര്യം എന്‍.ഐ.എ/ഇ.ഡി. നിലവിൽ പരിശോധിച്ചുവരികയാണ്.

അതേസമയം ഓഫീസിലെ പേപ്പര്‍ ഫയലുകളാണ് തീപിടിത്തത്തില്‍ കത്തി നശിച്ചത്. എന്നാല്‍, ഇലക്‌ട്രോണിക് ഫയലുകള്‍ ഭദ്രമാണെന്നു സെക്രട്ടേറിയറ്റ് വൃത്തങ്ങള്‍ പറയുകയാണ്. ഇ-ഫയല്‍ സംവിധാനം സെക്രട്ടേറിയറ്റില്‍ നിലവില്‍ വന്നെങ്കിലും പ്രധാന ഫയലുകള്‍ ഇപ്പോഴും കടലാസുരൂപത്തിലാണ് സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നത്. ഈ വിഭാഗത്തിലെ പ്രധാന ഫയലുകളെല്ലാം കടലാസുരൂപത്തിലാണ് സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നത്. സെക്രട്ടേറിയറ്റിലെ മറ്റു വിഭാഗങ്ങളിലെ ഫയല്‍ സൂക്ഷിക്കുന്നത് പഴയ അസംബ്ലി ഹാളിനോട് ചേര്‍ന്ന റെക്കോര്‍ഡ് റൂമിലാണെങ്കില്‍ പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ വിഭാഗത്തിലെ ഫയലുകള്‍ രഹസ്യസ്വഭാവം സൂക്ഷിക്കാന്‍ പ്രൊട്ടോക്കോള്‍ വിഭാഗത്തില്‍തന്നെയാണ് ഉള്ളത്.