ധനകാര്യ വിഭാഗം തനിക്കെതിരെ നടത്തിയ പരിശോധനകള്‍ക്കെതിരെ പരാതിയുമായി വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ ജേക്കബ് തോമസ്. മുഖ്യമന്ത്രിക്കും ചീഫ് സെക്രട്ടറിക്കുമാണ് ജേക്കബ് തോമസ് ഇത് സംബന്ധിച്ച് കത്ത് നല്‍കിയത്. താന്‍ ജോലി ചെയ്ത എല്ലാ വകുപ്പുകളിലെയും ഫയലുകള്‍ ധനകാര്യ വിഭാഗം പരിശോധിക്കുന്നു. ധനകാര്യ വിഭാഗം തനിക്കെതിരെ ശത്രുതയോടെ പെരുമാറുകയും അന്വേഷണം നടത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. സ്വതന്ത്ര്യമായി പ്രവര്‍ത്തിക്കാനാകില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കത്തില്‍ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ വകുപ്പുതല നടപടി വേണമെന്ന് നേരത്തെ ധനകാര്യ പരിശോധനാ വിഭാഗം ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു.തുറമുഖ വകുപ്പ് ഡയറക്ടര്‍ ആയിരിക്കുമ്പോള്‍ ജേക്കബ് തോമസ് നടത്തിയ ഇടപാടുകളില്‍ വന്‍ ക്രമക്കേടുകള്‍ ഉണ്ടെന്ന് കണ്ടെത്തിയതിനെ തുടര്‍ന്നാണ് ധനകാര്യ വകുപ്പ് ഇത്തരത്തില്‍ ശുപാര്‍ശ ചെയ്തിരുന്നത്. ധനകാര്യ വകുപ്പ് സെക്രട്ടറിയായ കെ.എം എബ്രഹാം മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് അന്വേഷണം സംബന്ധിച്ച ഫയലുകള്‍ കൈമാറിയെന്നും അറിയുന്നു. ഈ റിപ്പോര്‍ട്ട് ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെയാണ് എന്നാണറിയുന്നത്. പിന്നാലെയാണ് ജേക്കബ് തോമസ് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് കത്തെഴുതിയതും.
തുറമുഖ ഓഫിസുകളില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കാത്ത സോളാര്‍ പാനല്‍ സ്ഥാപിച്ച് സര്‍ക്കാരിന് കോടിക്കണക്കിന് രൂപയുടെ നഷ്ടം വരുത്തി. സര്‍ക്കാരിന്റെ അനുമതിയില്ലാതെ 54 ലക്ഷം രൂപയുടെ ഇലക്ട്രോണിക് ഉപകരണങ്ങള്‍ വാങ്ങി എന്നിങ്ങനെയുളള ക്രമക്കേടുകളെ തുടര്‍ന്നാണ് ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ വകുപ്പുതല നടപടിക്ക് ധനകാര്യ പരിശോധനാ വിഭാഗം ശുപാര്‍ശ നല്‍കിയത്. അനധികൃത സ്വത്ത് സമ്പാദനക്കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അഡീഷണല്‍ ചീഫ് സെക്രട്ടറി കെ.എം എബ്രഹാമിന്റെ വീട്ടില്‍ വിജിലന്‍സ് നടത്തിയ റെയ്ഡിനെ തുടര്‍ന്ന് വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടറും ധനവകുപ്പ് സെക്രട്ടറിയും തമ്മില്‍ ശീതസമരം നിലനിന്നിരുന്നു.