വിവാദമായ ഇസ്രത്ത് ജഹാന്‍ കേസില്‍ ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയം പുതിയ എഫ്‌ഐആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തു. കേസ് രേഖകള്‍ അറിഞ്ഞോ അറിയാതെയോ നഷ്ടപ്പെടുത്തി എന്ന അന്വേഷണ കമ്മീഷന്‍ റിപ്പോര്‍ട്ടിനെ തുടര്‍ന്നാണു നടപടി.
ഗുജറാത്തില്‍ വ്യാജ ഏറ്റുമുട്ടലില്‍ കൊല്ലപ്പെട്ട ഇസ്രത്ത് ജഹാന്‍ കേസിലെ ചില പ്രധാനപ്പെട്ട രേഖകള്‍ ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയത്തില്‍ നിന്ന് കാണാതായിരുന്നു. ഇക്കാര്യം അന്വേഷിച്ച കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്‍ പ്രകാരം ആഭ്യന്തരമന്ത്രാലയവും ന്യൂഡല്‍ഹി സന്‍സത് മാര്‍ഗ് പൊലീസും ചേര്‍ന്നാണ് എഫ്‌ഐആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തത്.
കേസിലെ നിര്‍ണ്ണായക രേഖകള്‍ കാണാതായത് 2009 സെപ്റ്റംബര്‍ 18 മുതല്‍ 28 വരെയുള്ള കാലത്താണ്. അന്നത്തെ ആഭ്യന്തരമന്ത്രി, അറ്റോര്‍ണി ജനറലിന് എഴുതിയ കത്തുകളുടെ കോപ്പി, അറ്റോര്‍ണി ജനറലിന്റെ കരട് സത്യവാങ്മൂലം, ഇതില്‍ അന്നത്തെ ആഭ്യന്തരമന്ത്രി വരുത്തിയ ഭേദഗതി, സെപ്റ്റംബര്‍ 29 ന് ഗുജറാത്ത് ഹൈക്കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ തുടര്‍ സത്യവാങ്മൂലത്തിന്റെ പകര്‍പ്പ് എന്നിവയായിരുന്നു കാണാതായത്.
2009 സെപ്റ്റംബര്‍ 29ന് ഗുജറാത്ത് ഹൈക്കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ രണ്ടാമത്തെ സത്യവാങ്മൂലത്തില്‍ ഇസ്രത് ജഹാന്‍ ലഷ്‌കറെ തൊയ്ബ പ്രവര്‍ത്തകയാണെന്നതിന് വ്യക്തമായ തെളിവില്ലെന്ന് പറയുന്നുണ്ട്. ആദ്യ സത്യവാങ്മൂലത്തില്‍നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായിരുന്നു അത്.
ഇസ്രത്ത് ജഹാന്‍, ജാവേദ് ഷെയ്ഖ് എന്ന പ്രാണേഷ് പിള്ള, അംജദലി അക്ബറലി റാണ, സീഷാന്‍ ജോഹര്‍ എന്നിവര്‍ കൊല്ലപ്പെട്ടത്. പ്രധാനമന്ത്രി നരേന്ദ്ര മോദി ഗുജറാത്ത് മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന സമയത്താണ്. 2004 ജൂണ്‍ 15 നായിരുന്നു സംഭവം. പൊലീസ് നടത്തിയ വ്യാജ ഏറ്റുമുട്ടലിലാണ് ഇസ്രത്ത് ജഹാന്‍ ഉള്‍പ്പെടെയുള്ളവര്‍ കൊല്ലപ്പെട്ടതെന്ന ആരോപണം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു.