ആറ്റുകാല്‍ ക്ഷേത്രത്തെക്കുറിച്ച് ഏറെ ഐതിഹ്യകഥകള്‍ നിലവിലുണ്ട്. കണ്ണകിയും കൊടുങ്ങല്ലൂരമ്മയായുമൊക്കെ ദേവിയെ സങ്കല്പിക്കുന്നവരുണ്ട്. ആറ്റുകാല്‍ പ്രദേശത്തുള്ള മുല്ലുവീടും അവിടുത്തെ കാരണവര്‍ക്ക് ദേവി നല്‍കിയ ദര്‍ശനവുമാണ് ആറ്റുകാല്‍ ക്ഷേത്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മുഖ്യ ഐതിഹ്യം. കിള്ളിയാറ്റില്‍ ദേവിയുടെ കാല്‍ പതിച്ചതുകൊണ്ടാണ് ആറ്റുകാല്‍ എന്ന പേരു ലഭിച്ചതെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. ഇന്നത്തെ ആറ്റുകാല്‍ പ്രദേശത്ത് മുല്ലൂര്‍ എന്നൊരു നായര്‍ തറവാടുണ്ടായിരുന്നു. അവിടെ ദേവീഭക്തനായ ഒരു കാരണവര്‍ വസിച്ചിരുന്നു. അദ്ദേഹം ഒരു വര്‍ഷ കാലത്ത് സന്ധ്യാവന്ദനത്തിന് കിള്ളിയാറ്റിലെത്തി സ്‌നാനം കഴിച്ചു നില്‍ക്കേ മറുകരയില്‍ നിന്ന് തേജസ്വിനിയായ ഒരു ബാലിക തന്നെ അക്കരെയെത്താന്‍ സഹായിക്കണമെന്ന് അഭ്യര്‍ത്ഥിച്ചു.

അതീവ തേജസ്വിനിയായ ബാലികയുടെ അഭ്യര്‍ത്ഥന മാനിച്ച് കാരണവര്‍ അവളെ നദി കടക്കാന്‍ സഹായിച്ചു. മുന്‍പ് ആ പ്രദേശത്ത് കണ്ടു പരിചയമില്ലാത്ത ആ ബാലികയെ കാരണവര്‍ തന്റെ വീട്ടിലേക്ക് കൂട്ടിക്കൊണ്ടു വന്ന് അന്നപാനാദികള്‍ നല്‍കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു. എന്നാല്‍ വീട്ടിലെത്തിയ കാരണവര്‍ തിരിഞ്ഞു നോക്കിയപ്പോള്‍ ബാലികയെ കണ്ടില്ല. അദ്ദേഹത്തിന് അത്ഭുതവും. ദുഃഖവും ഉണ്ടായി. അന്ന് രാത്രി കാരണവര്‍ക്ക് സ്വപ്നദര്‍ശനം ഉണ്ടാവുകയും അത് സാക്ഷാല്‍ മഹാമായ ആണെന്ന് ബോധ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു. കണ്ണകിയുടെ അവതാരമാണ് ആറ്റുകാല്‍ ദേവിയെന്നും ഐതിഹ്യം ഉണ്ട്.

ഇളങ്കോവടികള്‍ രചിച്ച ചിലപ്പതികാരം മഹാകാവ്യത്തില്‍ കണ്ണകിയായി അവതരിച്ച പാര്‍വതീ ദേവിയുടെ ജീവിത കഥ വിവരിക്കുന്നുണ്ട്. കോവലന്റെ പത്‌നിയായ കണ്ണകി പതിവ്രതാരത്‌നമായിരുന്നു. ഒരിക്കല്‍ ചോളരാജ സദസ്സില്‍ വച്ച് മാധവിയെന്ന നൃത്തക്കാരിയെ കോവലന്‍ കാണാനിട വരികയും അവളില്‍ അനുരക്തനായ കോവലന്‍ കണ്ണകിയെ ഉപേക്ഷിച്ച് മാധവിക്കൊപ്പം പോകുകയും ചെയ്യുന്നു. എങ്കിലും പതിവ്രതയായ കണ്ണകി കോവലനെ പ്രതീക്ഷിച്ചിരുന്നു.

കുറെക്കാലത്തെ ജീവിതത്തിനുശേഷം മാധവി കോവലനെ തിരസ്‌കരിക്കുകയും നിരാശനായ അയാള്‍ തിരികെ കണ്ണകിയുടെ അടുത്തെത്തുകയും ചെയ്തു. സമ്പത്തും സൗഭാഗ്യവുമെല്ലാം നശിച്ച കോവലനെ കണ്ണകി സന്തോഷത്തോടെ സ്വീകരിച്ചു. എന്തെങ്കിലും കച്ചവടം ചെയ്തു ജീവിക്കാമെന്ന് പറഞ്ഞ് തന്റെ കാലില്‍ കിടന്ന ചിലമ്പുകളിലൊന്ന് കണ്ണകി കോവലന് ഊരിക്കൊടുക്കുന്നു. അതു വില്‍ക്കാന്‍ കോവലന്‍ പാണ്ഡ്യരാജ്യത്തെത്തി. ഈ സമയത്താണ് പാണ്ഡ്യരാജാവിന്റെ പത്‌നിയുടെ ഒരു ചിലമ്പ് മോഷണം പോകുന്നത്. ചിലമ്പു കട്ടത് കോവലനാണെന്ന് സംശയിച്ചു പറഞ്ഞ് പാണ്ഡ്യരാജാവ് കോവലനെ വധിക്കുന്നു.

നിരപരാധിയായ തന്റെ ഭര്‍ത്താവിനെ വധിച്ചതറിഞ്ഞ് കോപാകുലയായ കണ്ണകി കൈയില്‍ ഒറ്റച്ചിലമ്പുമായി പാണ്ഡ്യരാജ്യത്തേക്ക് പാഞ്ഞുവരികയും തന്റെ ചിലമ്പും രാജ്ഞിയുടെ ചിലമ്പും പരിശോധിച്ച് രണ്ടും ഒന്നാണോയെന്ന് കണ്ടുപിടിക്കാന്‍ ആവശ്യപ്പെടുകയും ചെയ്യുന്നു. തന്റെ കൈയിലുള്ള ഒറ്റ ചിലമ്പ് അവള്‍ നിലത്തെറിഞ്ഞുടയ്ക്കുന്നു. രാജ്ഞിയുടെ ചിലമ്പും കണ്ണകിയുടെ ചിലമ്പും വ്യത്യസ്തമായിരുന്നു. നിരപരാധിയായ തന്റെ ഭര്‍ത്താവിനെ കൊന്ന പാണ്ഡ്യരാജാവിനെ കണ്ണകി വധിക്കുന്നു. മുല പറിച്ചെറിഞ്ഞ് അവള്‍ മധുരാപുരി ചുട്ടെരിക്കുന്നു. മധുരാദഹനത്തിനു ശേഷം ഒറ്റമുലച്ചിയായി സഹ്യപര്‍വത പ്രാന്തത്തിലുള്ള തിരുച്ചെങ്കുന്നില്‍ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടുവെന്നും കൊടുങ്ങല്ലൂരിലേക്കുള്ള യാത്രാമധ്യേ ബാലികാ രൂപത്തില്‍ ആറ്റുകാല്‍ മുല്ലുവീട്ടിലെ കാരണവര്‍ക്ക് ദര്‍ശനം നല്‍കിയെന്നും ദേവിയുടെ നിര്‍ദ്ദേശമനുസരിച്ച് ആറ്റുകാലില്‍ തെക്കതു നിര്‍മ്മിച്ച് ദേവീപ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയെന്നുമാണ് ഐതിഹ്യം.

ക്ഷേത്രത്തിലെ ശില്പങ്ങളാക്കി മാറ്റിയ കണ്ണകി കഥയും ഉത്സവകാലങ്ങളില്‍ പാടി വരുന്ന തോറ്റംപാട്ടും ഈ ഐതിഹ്യത്തിനു ഉപോദ്ബലകങ്ങളാണ്. അശരണരും ദുഃഖിതരുമായ ഭക്തജനങ്ങള്‍ക്കു അനുഗ്രഹം നല്‍കിക്കൊണ്ട് അവരുടെ അഭിലാഷപൂര്‍ത്തി വരുത്തുന്ന ആറ്റുകാലമ്മ കലിയുഗത്തിലെ എല്ലാ കന്മഷങ്ങളെയും അകറ്റുമെന്നാണ് വിശ്വാസം.