കോളജില്‍ ഇന്റേണല്‍ പരീക്ഷയുടെ ചോദ്യപ്പേപ്പറില്‍ മതനിന്ദയക്ക് ഇടയാക്കുന്ന ചോദ്യം ഉള്‍പ്പെടുത്തിയെന്ന് ആരോപിച്ചായിരുന്നു പ്രഫ ടി ജെ ജോസഫിന്റെ കൈപ്പത്തി അക്രമികള്‍  വെട്ടിയത്. 2010 ജൂലൈ 4 നായിരുന്നു ചോദ്യപ്പേപ്പറില്‍ മതനിന്ദാപരമായി കാര്യങ്ങള്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്തിയെന്നാരോപിച്ച് അദ്ധ്യാപകന്റെ കൈപ്പത്തി വെട്ടിമാറ്റിയത്. കേസില്‍ നാലാം പ്രതിയായിരുന്ന മൂവാറ്റുപുഴ സ്വദേശി സജിന്‍ എന്‍.ഐ.എ കോടതിയിലാണ് കീഴടങ്ങിയത്. എവിടെയായാണ് സജിന്‍ ഒളിവില്‍ പോയതെന്ന് പൊലീസിന് കണ്ടെത്താനായില്ല.

വിവാദമായ ചോദ്യ പേപ്പര്‍ തയ്യാറാക്കിയതിന്റെ പേരില്‍ ടി ജെ ജോസഫിനെ കോളേജില്‍ നിന്ന് പിരിച്ചുവിട്ടിരുന്നു. ഒടുവില്‍ വിരമിക്കല്‍ പ്രായത്തിനു ദിവസങ്ങള്‍ക്ക് മുമ്പാണ് ഇദ്ദേഹത്തെ ജോലിയില്‍ തിരിച്ചെടുത്തത്.
ആലുവ കളപ്പുരയ്ക്കല്‍ വീട്ടില്‍ ജമാല്‍ (40), കോതമംഗലം താണിമോളേല്‍ വീട്ടില്‍ കെ എം മുഹമ്മദ് ഷോബിന്‍ (24), അറക്കപ്പടി വാരിയത്തുമുറി വീട്ടില്‍ ഷംസുദീന്‍ (33), കോട്ടുവള്ളി പുന്നക്കല്‍ വീട്ടില്‍ ഷാനവാസ് (28), വാഴക്കുളം കെപ്പിള്ളി വീട്ടില്‍ കെ എ പരീത് (32), കുട്ടമംഗലം വെള്ളിലാവുങ്കല്‍ വീട്ടില്‍ യൂനുസ് അലിയാര്‍ (30), ഇരമല്ലൂര്‍ പരുത്തിക്കാട്ടുകുടി വീട്ടില്‍ ജാഫര്‍ (29), കാലടി മുണ്ടത്തേ•് വീട്ടില്‍ അഷ്‌റഫ് (37), മൂവാറ്റുപുഴ ചാലില്‍ വീട്ടില്‍ സിക്കന്തര്‍ അലി ഖാന്‍ (28), ഇരമ്മല്ലൂര്‍ കുഴിതോട്ടില്‍ വീട്ടില്‍ കെ കെ അലി (30), കളരിക്കല്‍ പുത്തന്‍പുര വീട്ടില്‍ ഷിയാസ് (26), കോട്ടുവള്ളം കിഴക്കേപ്രം ചൌതിപറമ്ബില്‍ സിയാദ് (28), ആലുവ തായ്ക്കാട്ടുകര പടിഞ്ഞാറെ വീട്ടില്‍ അബ്ദുല്‍ സലാം (52), കടുങ്ങല്ലൂര്‍ തണ്ടിരിക്കല്‍ വീട്ടില്‍ കമറുദ്ദീന്‍ (30), കരുമാല്ലൂര്‍ പാലക്കല്‍ വീട്ടില്‍ ഫഹദ് (26), കാലടി കടുക്കപിള്ളി വീട്ടില്‍ നിയാസ് (34), മുളവൂര്‍ കൊളമ്‌ബേല്‍ വീട്ടില്‍ കെ എം അലി (38), കടവൂര്‍ പൈങ്ങോട്ടൂര്‍ പുത്തന്‍പുരയില്‍ പി.എം. റഷീദ് (30), കോതമംഗലം പല്ലാരിമംഗലം മുകളേല്‍ വീട്ടില്‍ മാഹിന്‍കുട്ടി (35), വെള്ളൂര്‍കുന്നം മുള്ളരിക്കാട്ട് വീട്ടില്‍ മുഹമ്മദാലി (33), കടുങ്ങല്ലൂര്‍ കരിമ്ബയില്‍ വീട്ടില്‍ അബ്ദുല്ലത്തീഫ് (40), വളാഞ്ചേരി പുല്ലാനിക്കാട്ടില്‍ വീട്ടില്‍ മൊയ്തീന്‍ കുട്ടി (36), കടുങ്ങല്ലൂര്‍ മുപ്പത്തടം എരമം അയ്യരുകുടി വീട്ടില്‍ ഷെജീര്‍ (28), ഡോ റനീഫ്, പ്രഫ. അനസ്, കുഞ്ഞുണ്ണിക്കര കെ ഇ കാസിം (43), ഇടക്കൊച്ചി പുത്തന്‍വീട്ടില്‍ പി എം മനാഫ് (37), മുപ്പത്തടം തച്ചുവല്ലത്ത് ടി എച്ച് അന്‍വര്‍ സാദിഖ്, നെട്ടൂര്‍ മദ്രസപ്പറമ്ബില്‍ നിയാസ് (32), മദ്രസപ്പറമ്ബില്‍ റിയാസ് (31) തുടങ്ങിയവരാണ് ഈ കേസുമായി വിചാരണ നേരിട്ട പ്രതികള്‍.

2010 ജൂലൈ നാലിന് രാവിലെ 8.05 ഓടെയാണ് പ്രഫ ടി ജെ ജോസഫ് ആക്രമിക്കപ്പെട്ടത്. ഭാര്യക്കും സഹോദരിക്കുമൊപ്പം മൂവാറ്റുപുഴ നിര്‍മലമാതാ പള്ളിയില്‍നിന്നു കുര്‍ബാന കഴിഞ്ഞു മടങ്ങുകയായിരുന്ന ടി ജെ ജോസഫിനെ വാനിലെത്തിയ ഏഴംഗ സംഘമാണ് ആക്രമിച്ചത്. പള്ളിയില്‍നിന്നു വാഗണര്‍ കാറില്‍ സഞ്ചരിക്കുകയായിരുന്ന ജോസഫിനെയും കുടുംബത്തെയും വാനിലെത്തിയ സംഘം നിര്‍മല സ്‌കൂളിനു സമീപം തടഞ്ഞു. പ്രഫസറുടെ വാഹനത്തിനു മാര്‍ഗതടസം സൃഷ്ടിച്ചു നിര്‍ത്തിയ വാനില്‍നിന്ന് മഴു, വാക്കത്തി, കഠാര തുടങ്ങിയ ആയുധങ്ങളുമായി ഇറങ്ങിയ ആറംഗ സംഘം കാര്‍ വളഞ്ഞ് ആക്രമിച്ചെന്നാണു കേസ്. 
അധ്യാപകനെ ആക്രമിക്കുന്നതിനുവേണ്ടി പ്രതികള്‍ മാര്‍ച്ച് 28 മുതല്‍ വിവിധയിടങ്ങളിലായി നടന്ന ഗൂഢാലോചനയുടെ തുടര്‍ച്ചയായിട്ടായിരുന്നു ആക്രമണം.

ഗൂഢാലോചന, അന്യായമായി സംഘം ചേരല്‍, വധശ്രമം, മാരകമായി മുറിവേല്‍പ്പിക്കല്‍, നിയമവിരുദ്ധ പ്രവര്‍ത്തനം തടയല്‍ നിയമത്തിലെ വിവിധ വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരമുള്ള കുറ്റങ്ങള്‍ ചുമത്തിയാണ് എന്‍ഐഎ കുറ്റപത്രം നല്‍കിയത്. വിചാരണയില്‍ ആകെ 306 സാക്ഷികളെ വിസ്തരിച്ചു. പ്രോസിക്യുഷന്‍ 963 രേഖകളും 227 തൊണ്ടി മുതലുകളും കോടതിയില്‍ ഹാജരാക്കിയിരുന്നു.