2003 മേയ് രണ്ടിലെ മാറാട് കലാപത്തിനു പിന്നിലെ ഉന്നതതല ഗൂഢാലോചനയും ദേശസുരക്ഷ പ്രശ്‌നങ്ങളും അന്വേഷിക്കാന്‍ തയാറാണെന്ന് സി.ബി.ഐയുടെ സത്യവാങ് മൂലം. കേരള ഹൈക്കോടതിയില്‍ ആഗസ്ത് ഒന്നിന് സി.ബി.ഐ സ്റ്റാന്റിങ് കൗണ്‍സില്‍ മുഖേനയാണ് ഈ സത്യവാങ്മൂലം സമര്‍പ്പിച്ചത്.

മാറാട് അന്വേഷണ കമ്മീഷനായ ജസ്റ്റിസ് തോമസ്.പി.ജോസഫ് സര്‍ക്കാരിന് മുന്‍പ് സമര്‍പ്പിച്ച അന്വേഷണ റിപ്പോര്‍ട്ടിലെ ശുപാര്‍ശയനുസരിച്ച് രണ്ടാം മാറാട് കലാപത്തിനു പിന്നിലെ തീവ്രവാദബന്ധം പ്രത്യേക കേന്ദ്ര ഏജന്‍സിയെക്കൊണ്ട് അന്വേഷിപ്പിക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് പൊതുപ്രവര്‍ത്തകന്‍ കൊളക്കാടന്‍ മൂസഹാജി സമര്‍പ്പിച്ച ഹര്‍ജിയില്‍ സിബിഐ നേരത്തെ വിയോജിപ്പ് അറിയിച്ചിരുന്നു. ക്രൈംബ്രാഞ്ച് റിട്ട സൂപ്രണ്ടും മുന്‍ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥനുമായ സി.എം.പ്രദീപ്കുമാര്‍ കേസില്‍ കക്ഷി ചേര്‍ന്നതിനെ തുടര്‍ന്നാണ് സി.ബി.ഐ നിലപാട് മാറ്റിയത്. ഹൈക്കോടതിയുടെ അനുമതി ലഭിച്ചാലുടന്‍ അന്വേഷണം സിബിഐ ഏറ്റെടുക്കും.
രണ്ടാം മാറാട് കലാപത്തിനു പിന്നില്‍ ഗൂഡാലോചന നടന്നതായി സംശയിക്കുന്നെന്നും, ഇക്കാര്യം കേന്ദ്ര ഏജന്‍സിയെക്കൊണ്ട് വിശദമായി അന്വേഷിപ്പിക്കണമെന്നും സര്‍ക്കാര്‍ നിയോഗിച്ച ജുഡീഷ്യല്‍ കമ്മീഷന്‍ തോമസ്.പി.ജോസഫ് റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു.

ഈ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്റെ പിന്‍ബലത്തിലാണ് 2012 ല്‍ കൊളക്കാടന്‍ മൂസഹാജി ഹൈകോടതിയെ സമീപിച്ചിരുന്നത്. കേരളാ പോലീസിലെ ഐജിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ വിശദമായ അന്വേഷണം നടന്നതിനാല്‍ രണ്ടാമതൊരു അന്വേഷണത്തിന് തയാറല്ലെന്നായിരുന്നു അന്ന് സിബിഐ ഹൈക്കോടതിയെ അറിയിച്ചത്.

ജുഡീഷ്യല്‍ കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ടനുസരിച്ച് രണ്ടാം മാറാട് കലാപത്തെക്കുറിച്ച് അന്വേഷണം നടത്തിയ അന്നത്തെ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് എസ്പി സി.എം.പ്രദീപ്കുമാര്‍ നിരവധി തെളിവുകള്‍ കണ്ടെത്തുകയുണ്ടായി. പിന്നീട് ചുമതലയേറ്റ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് എസ്പി, രണ്ടാം മാറാട് കലാപത്തിനു പിന്നില്‍ തീവ്രവാദ ബന്ധമില്ലെന്നു ചുണ്ടിക്കാട്ടി ഹൈകോടതിയില്‍ സത്യവാങ്ങ്മൂലം സമര്‍പ്പിച്ചു. ഇതിനെതിരെ അഭിഭാഷകന്‍ കൂടിയായ സി.എം.പ്രദീപ്കുമാര്‍ ഹൈകോടതിയില്‍ സത്യവാങ്ങ്മൂലം നല്‍കി.