തോമസ് ചാണ്ടിയുടെ രാജിയിലേക്ക് നയിച്ച സംഭവ വികാസങ്ങളില്‍ സി.പി.ഐ നേതൃത്വം സഹകരിച്ചില്ലെന്ന് ചൂണ്ടാക്കാട്ടി മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ സി.പി.എം പൊളിറ്റ്ബ്യൂറോയെ സമീപിച്ചു. സര്‍ക്കാരിലെയും മുന്നണിയിലെയും സ്ഥിതിഗതികള്‍ വഷളായതോടെയാണ് രാവിലെ പിണറായി ഇന്ദ്രപ്രസ്ഥത്തിലേക്ക് പറന്നത്. പാര്‍ട്ടി ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി സീതാറാം യച്ചൂരി വിദേശത്തായതിനാല്‍ പ്രകാശ് കാരാട്ട്, വൃന്ദകാരാട്ട്, എസ്.രാമചന്ദ്രന്‍പിള്ള, എം.എ ബേബി എന്നിവരടങ്ങുന്ന അവയ്‌ലബിള്‍ പി.ബി ചേര്‍ന്നു. മുഖ്യമന്ത്രി കാര്യങ്ങള്‍ വിശദീകരിച്ചു. സി.പി.ഐയുടെ നിലപാടില്‍ അദ്ദേഹം കടുത്ത അതൃപ്തി രേഖപ്പെടുത്തി. 

ബുധനാഴ്ച രാവിലെ തന്നെ തോമസ് ചാണ്ടിയുടെ രാജി ഉറപ്പാക്കിയിരുന്നു. എന്നിട്ടും സി.പി.ഐ മന്ത്രിമാര്‍ മന്ത്രിസഭാ യോഗത്തില്‍ നിന്ന് വിട്ടുനില്‍ക്കുന്ന അസാധാരണ നടപടിയുണ്ടായി. ഇത് മുന്നണിയിലും സര്‍ക്കാരിലും ആശയക്കുഴപ്പം സൃഷ്ടിച്ചു. രാജിക്കായി നാല് ദിവസത്തെ സമയാണ് എന്‍.സി.പി ചോദിച്ചത്. അത് പറ്റില്ലെന്ന് പറഞ്ഞിരുന്നു. പിന്നീട് ഹൈക്കോടതി പരാമര്‍ശം നീക്കാന്‍ സുപ്രീംകോടതിയില്‍ പോകാന്‍ അനുവദിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു. അതുംപറ്റില്ലെന്ന് വ്യക്തമാക്കി. ബുധനാഴ്ച രാവിലെ പതിനൊന്ന് മണി വരെ സമയം നല്‍കിയിരുന്നു. ഇതോടെയാണ് തോമസ് ചാണ്ടി മന്ത്രിസഭാ യോഗത്തില്‍ പങ്കെടുത്തത്. ഇതറിയാമായിരുന്നിട്ടും സി.പി.ഐ മന്ത്രിമാര്‍ മന്ത്രിസഭാ യോഗത്തില്‍ പങ്കെടുത്തില്ല. രാജിക്കാര്യത്തില്‍ ഓരോ പാര്‍ട്ടികള്‍ക്കും നല്‍കുന്ന മര്യാദ പാലിച്ചു. ഇ.പി ജയരാജന്റെ കാര്യത്തിലും ശശീന്ദ്രന്റെ കാര്യത്തിലും അങ്ങനെ തന്നെയായിരുന്നു. 

സി.പി.ഐ മുന്നണി മര്യാദപാലിച്ചില്ലെന്നും മുഖ്യമന്ത്രി കുറ്റപ്പെടുത്തി. ദേശീയതലത്തില്‍ സി.പി.ഐയും സി.പി.എമ്മും പ്രശ്‌നങ്ങളില്ലാത്തതിനാല്‍ പ്രശ്‌നം കേരളത്തില്‍ പരിഹരിക്കാന്‍ പി.ബി നിര്‍ദ്ദേശിച്ചു. അതിനൊപ്പം മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ വാദങ്ങളും അംഗീകരിച്ചു. വ്യാഴാഴ്ച വൈകുന്നേരം നാലിന് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍ വാര്‍ത്താസമ്മേളനം നടത്തി കാര്യങ്ങള്‍ വ്യക്തമാക്കും. രാജി നീട്ടിക്കൊണ്ടുപോയതില്‍ സി.പി.എം കേന്ദ്രനേതൃത്വം കുറച്ച് ദിവസങ്ങള്‍ക്ക് മുമ്പ് അതൃപ്തി അറിയിച്ചിരുന്നു. വ്യാഴാഴ്ച ചേര്‍ന്ന അവയ്‌ലബിള്‍ പി.ബിയില്‍ ഇക്കാര്യം ചര്‍ച്ചയായില്ല. പി.ബിയുടെ ഗ്രീന്‍ സിഗ്നല്‍ കിട്ടിയതോടെ സി.പി.ഐക്കെതിരെ സി.പി.എം സംസ്ഥാന നേതൃത്വം ആഞ്ഞടിക്കുമെന്ന് ഉറപ്പായി.a