വിവാദക്കൾക്കൊടുവിൽ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണൻ സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയുടെ ചുമതല രാജി വച്ചിരുന്നു .ഇതിന് പിന്നാലെ ഈ സ്ഥാനത്തേക്ക് എ. വിജയരാഘവൻ നിയമിതനാകുകയും ചെയ്തു. എൽഡിഎഫ് കൺവീനർ കൂടിയായ അദ്ദേഹം ഇടതു രാഷ്ട്രീയത്തിലെ രണ്ടു സുപ്രധാന പദവികൾ ഒരുമിച്ചു വഹിക്കുകയാണ് . രാഷ്ട്രീയ വിവാദങ്ങൾക്ക് തക്കതായ മറുപടി അദ്ദേഹം നൽകുകയാണ്. പാർട്ടി സെക്രട്ടറിയുടെ ചുമതലയുള്ള എൽഡിഎഫ് കൺവീനർ ആണ് താൻ എന്നദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണൻ മികച്ച നിലയിൽ പാർട്ടിയെ നയിച്ചുകൊണ്ടിരുന്ന സമയത്താണു ശാരീരിക വിഷമതകൾ നേരിട്ടത്. രണ്ടു തിരഞ്ഞെടുപ്പുകൾ പാർട്ടിക്കു മുന്നിലുണ്ട്. സ്വാഭാവികമായും സെക്രട്ടറിസ്ഥാനത്തു പൂർണ ചുമതല വഹിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരാൾ വേണമെന്നു തീരുമാനിച്ചു. എസ്എഫ്ഐ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദവിതൊട്ട് പല ഉത്തരവാദിത്തങ്ങളും നിർവഹിച്ചിട്ടുണ്ട്. പാർട്ടി താൽപര്യങ്ങൾക്ക് അനുസൃതമായി ഈ ചുമതല നിർവഹിക്കാൻ എന്നോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു താൻ ചെയ്യുന്നുവെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. .

രോഗകാരണം ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണു കോടിയേരി അവധിയെടുത്തത്. മകന്റെ അറസ്റ്റ് മാറിനിൽക്കാൻ അദ്ദേഹത്തെ പ്രേരിപ്പിച്ചുവെന്നു കരുതുന്നവരുണ്ട്. രണ്ടും രണ്ടാണ്. സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി രോഗംമൂലം അവധിയെടുക്കുന്നതു തികച്ചും പാർട്ടിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യമാണ്. മകന്റെ വിഷയം വ്യക്തിപരമായ കാര്യമാണ്. അക്കാര്യത്തിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെയും പാർട്ടിയുടെയും സമീപനം കോടിയേരി തന്നെ വിശദീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. .
നിലവിലെ സാഹചര്യത്തിൽ അദ്ദേഹം മടങ്ങി വരുമോ എന്ന സാധ്യത വയ്ക്കാൻ കഴിയില്ല . രോഗസാഹചര്യം മാറിവരുമ്പോൾ അക്കാര്യം ചർച്ച ചെയ്യും .കേരളത്തിന്റെ ബഹുമുഖ വളർച്ചയ്ക്കും സാധാരണക്കാരുടെ ക്ഷേമത്തിനും ഇത്രയേറെ സംഭാവന ചെയ്ത ഒരു സർക്കാരില്ല. ആ അനുഭവം ജനങ്ങളുടെ മുന്നിലുണ്ട്. അവരാണു വിധികർത്താക്കൾ. നല്ല ആത്മവിശ്വാസമാണു ഞങ്ങൾക്ക് എന്നദ്ദേഹം തെരഞ്ഞെടുപ്പിനെ കുറിച്ച് പ്രതിക്കരിച്ചു .

മുൻ മന്ത്രി ഇബ്രാഹിം കുഞ്ഞിന്റെ അറസ്റ്റിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രതികരണം ഇങ്ങനെ ആയിരുന്നു. . പാലം പണിക്കു പൊതുമരാമത്തു വകുപ്പിനെ വിട്ടു മറ്റ് ഏജൻസികളിലേക്കു നീങ്ങിയതിനു പിന്നിലെ താൽപര്യങ്ങളാണു പ്രശ്നമായത്. അദ്ദേഹത്തെ നേരത്തേ പ്രതിചേർത്തിരുന്നു. അറസ്റ്റ് സ്വാഭാവിക നടപടിക്രമമാണ്. ഒരു രാഷ്ട്രീയവും അതിലില്ല എന്നാണ് എ. വിജയരാഘവൻ പ്രതികരിച്ചത്  എൽഡിഎഫിൽ എല്ലാ കക്ഷികളും തുല്യരാണ്. ഒന്ന്, രണ്ട്, മൂന്ന് എന്നില്ല. ഒരുമിച്ചു നിൽക്കുമ്പോഴത്തെ കരുത്താണു പ്രധാനം.ശിവശങ്കർ ചെയ്തത് ചെറിയ പ്രശ്നമല്ല. വലിയ പ്രശ്നം തന്നെയാണ് അതുകൊണ്ടാണ് അന്വേഷണ ഏജൻസികളുടെ കസ്റ്റഡിയിൽ തുടരുന്നത്. അതു വേറെ കാര്യമാണെന്നും . അക്കാര്യത്തിൽ ഒരു മൃദുത്വവുമില്ലെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. ശിവശങ്കർ ഒരു ഉദ്യോഗസ്ഥനാണ്. അയാളൊരു കുഴപ്പം കാണിച്ചാൽ നടപടിയെടുക്കുക അല്ലാതെ എന്തു ചെയ്യാനാണ്? മന്ത്രിയാണെങ്കിൽ ധാർമിക പ്രശ്നങ്ങളുണ്ട് എന്നു പറയാം. മന്ത്രി പാർട്ടി അച്ചടക്കത്തിനു വിധേയനുമാണ്. ഉദ്യോഗസ്ഥൻ നിയമവിരുദ്ധ പ്രവർത്തനം നടത്തിയാൽ ഭവിഷ്യത്ത് അയാൾ അനുഭവിക്കും എന്നാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രതികരണം .