നീണ്ട പത്തു വർഷത്തിന്റെ ഇടവേളയ്ക്കു ശേഷം സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കേസിലെ വിചാരണ വേളയില്‍ കേസിന്റെ നിർണായക സാക്ഷി കൂറുമാറി. അഭയയോടൊപ്പം കോണ്‍വെന്റില്‍ താമസിച്ചിരുന്ന സിസ്റ്റര്‍ അനുപമയാണ് കൂറുമാറിയത്. അനുപമ കൂറുമാറിയതായി പ്രഖ്യാപിക്കണമെന്ന പ്രോസിക്യൂഷന്റെ ആവശ്യം തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ പ്രത്യേക കോടതി അംഗീകരിക്കുകയും ചെയ്തു.

പത്ത് വർഷത്തിന് ശേഷമാണ് കേസിലെ വിചാരണ ആരംഭിക്കുന്നത് തന്നെ. വിചാരണ തടയണം എന്നാവശ്യപ്പെട്ടുകൊണ്ട് കേസിലെ പ്രതികൾ നിരന്തരം ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചതിനാലാണ് വിചാരണ നടപടികൾ നിരന്തരം മാറ്റി വച്ചുകൊണ്ടിരുന്നത് എന്നത് വ്യക്തമാണ്. രണ്ടാം പ്രതി ഫാദർ ജോസ് പൂതൃക്കയിൽ, ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് മുൻ എസ്.പി കെ.ടി മൈക്കിൾ എന്നിവരെ നേരത്തെ കേസിൽ നിന്നും കുറ്റവിമുക്തരാക്കിയിരുന്നു.

ഫാ.തോമസ് എം കോട്ടൂർ, സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരാണ് കേസിലെ പ്രധാന പ്രതികൾ. 2009ലാണ് കേസിലെ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിക്കപ്പെട്ടത്. 1992 മാർച്ച് 27നാണ് കോട്ടയത്തെ പയസ് ടെന്റ് കോൺവെന്റിലെ കിണറ്റിൽ സിസ്റ്റർ അഭയയെ മരിച്ച നിലയിൽ കണ്ടെത്തുന്നത്. സ്ഥലം പൊലീസ് അന്വേഷണം നടത്തി അവസാനിപ്പിച്ച കേസ് 1993 ലാണ് സി.ബി.ഐ ഏറ്റെടുക്കുന്നത്.