വിചാരണ അട്ടിമറിക്കാന്‍ സാധ്യതയുള്ളതിനാല്‍ അരിയില്‍ ഷുക്കൂര്‍ വധക്കേസിന്റെ വിചാരണ എറണാകുളം സി.ബി.ഐ കോടതിയിലേക്ക് മാറ്റി. ഹൈക്കോടതിയില്‍ സി.ബി.ഐ നല്‍കിയ അപേക്ഷ പരിഗണിച്ചാണ് തീരുമാനം. തലശ്ശേരി സെഷന്‍സ് കോടതിയിലാണ് വിചാരണ നടത്താന്‍ ആദ്യം തീരുമാനിച്ചിരുന്നത്. കേസിന്റെ ഗൂഢാലോചനയിലാണ് ടി.വി രാജേഷിനും പി.ജയരാജനും എതിരെ കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചത്. എം.എസ്.എഫിന്റെ പ്രാദേശിക പ്രവര്‍ത്തകനായിരുന്ന ഷുക്കൂര്‍ 2012 ഫെബ്രുവരി 20നാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടത്. സിപിഎം ജില്ലാ സെക്രട്ടറി പി ജയരാജനും ടി വി രാജേഷുമടക്കമുള്ളവര്‍ സഞ്ചരിച്ച വാഹനം തളിപ്പറമ്പിന് സമീപത്തുള്ള പട്ടുവത്ത് തടഞ്ഞ് യൂത്ത് ലീഗ് പ്രവര്‍ത്തകര്‍ ആക്രമിച്ചതിന്റെ പ്രതികാരമായാണ് ഷുക്കൂറിനെ കൊന്നത്. 

ചെറുകുന്ന് കീഴറയില്‍ പാടത്ത് ഷുക്കൂറിനെ പാര്‍ട്ടി കോടതി വിചാരണ നടത്തിയ ശേഷമാണ് കൊലപ്പെടുത്തിയത്. രണ്ടര മണിക്കൂര്‍ ബന്ദിയാക്കി വിചാരണ ചെയ്തുള്ള ക്രൂരമായ കൊലപാതകം എന്ന ആരോപണം എന്ന നിലയില്‍ ഈ കേസ് വലിയതോതില്‍ പൊതുജനശ്രദ്ധ നേടിയിരുന്നു. കേസില്‍ പ്രതി ചേര്‍ക്കപ്പെട്ട പലരും നാട്ടില്‍ പോലും ഇല്ലാത്തവര്‍ ആയിരുന്നെന്ന് പിന്നീട് തെളിഞ്ഞു. പ്രതി ചേര്‍ക്കപ്പെട്ട് പീഡത്തിനിരയായ ഒരു യുവാവ് പിന്നീട് ആത്മഹത്യ ചെയ്തു. പി. ജയരാജനും ടി.വി. രാജേഷിനുമെതിരേ സിബിഐ ഗൂഢാലോചന കുറ്റം ചുമത്തിയിരുന്നു. എന്നാല്‍ കുറ്റപത്രം തലശ്ശേരി സെഷന്‍സ് കോടതി മടക്കിയിരുന്നു. രണ്ടാമത് സമര്‍പ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിലും ഇവര്‍ക്കെതിരെ കുറ്റം ചുമത്തിയിരുന്നു.

മുസ്ലിംലീഗ് അക്രമത്തില്‍ പരിക്കേറ്റ പി.ജയരാജനും ടി.വി.രാജേഷും തളിപ്പറമ്പ് സഹകരണ ആശുപത്രി മുറിയില്‍ ഇരുന്നാണ് ഗൂഢാലോചന നടത്തിയതെന്ന് കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നു. ഒരു വ്യക്തി ഷുക്കൂറിനെ കൈകാര്യം ചെയ്യാന്‍ മൊബൈല്‍ ഫോണ്‍ വഴി ആവശ്യപ്പെട്ടു എന്നും അത് ജയരാജനും രാജേഷും കേട്ടിട്ടും അവരെ തടഞ്ഞില്ലെന്നും മുസ്ലീം ലീഗ് പ്രവര്‍ത്തകര്‍ ആയ പി.പി.അബുവും മുഹമ്മദ് സാബിറും മൊഴി നല്‍കിയിരുന്നു. തുടര്‍ന്നാണ് ക്രിമിനല്‍ കുറ്റം നടക്കാന്‍ പോകുന്നതറിഞ്ഞിട്ടും തടയാന്‍ ശ്രമിക്കുകയോ പൊലീസില്‍ അറിയിക്കുകയോ ചെയ്തില്ലെന്ന വകുപ്പ് ചേര്‍ത്ത് ഇരുവരെയും പ്രതി ചേര്‍ത്തത്. 

സാക്ഷികളായ പി.പി. അബുവും, മുഹമ്മദ് സാബീറും പിന്നീട് മൊഴി മാറ്റിയിരുന്നു. ഗൂഢാലോചന നടന്ന സമയത്ത് ഞങ്ങള്‍ ആശുപത്രിയില്‍ ഇല്ലെന്നാണ് ഇവരുടെ രണ്ടാമത്തെ മൊഴി. കഴിഞ്ഞ ഫ്രബ്രുവരി 11ന് തലശ്ശേരി കോടതിയില്‍ സമര്‍പ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തില്‍ ജയരാജനെതിരെ 302, 120 ബി എന്നീ വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരം കൊലക്കുറ്റവും ഗൂഢാലോചനക്കുറ്റവുമാണു ചുമത്തിയിരിക്കുന്നത്. ടി.വി രാജേഷ് എം.എല്‍.എയ്‌ക്കെതിരെയും ഗൂഢാലോചനക്കുറ്റം ചുമത്തിയിട്ടുണ്ട്. സി.ബി.ഐ നടത്തിയ തുടരന്വേഷണത്തിനൊടുവിലാണ് ജയരാജനെതിരെ കൊലക്കുറ്റം ചുമത്തി കുറ്റപത്രം നല്‍കിയത്. കൊലപാതകം നടന്ന് ഏഴു വര്‍ഷത്തിനു ശേഷമാണ് കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചിരിക്കുന്നത്.