കേരളത്തിലെ ചില സബ് രജിസ്ട്രാര്‍ ഓഫീസുകളില്‍ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന ശ്രീപദ്മനാഭന്റെ ശംഖുമുദ്ര ഇനിയില്ല. പകരം ശംഖുമുദ്ര കൂടി ഉള്‍പ്പെടുന്ന കേരള സര്‍ക്കാരിന്റെ ഔദ്യോഗിക മുദ്രയാണ് ഉപയോഗിക്കുക. 1865 ജനുവരിയില്‍ മലബാറിലും 1868ല്‍ തിരുവിതാംകൂറിലും 1875ല്‍ കൊച്ചിയിലും രജിസ്‌ട്രേഷന്‍ വകുപ്പിന്റെ പ്രവര്‍ത്തനം തുടങ്ങിയതാണ്.

1956 നവംബര്‍ ഒന്നിന് കേരള സംസ്ഥാനം വന്നതു മുതല്‍ ഈ മൂന്നു യൂണിറ്റുകളെയും യോജിപ്പിച്ച് ഇന്നത്തെ രജിസ്‌ട്രേഷന്‍ വകുപ്പ് രൂപീകൃതമായി. എങ്കിലും പഴയ തിരുവിതാംകൂര്‍ മേഖലയായ തെക്കന്‍ കേരളത്തില്‍ ഏതാനും സബ് രജിസ്ട്രാര്‍ ഓഫീസുകളില്‍ ഇപ്പോഴും ആധാരങ്ങളിലും രേഖകളിലും പതിച്ചിരുന്നത് തിരുവിതാംകൂര്‍ രാജവംശത്തിന്റെ ശംഖുമുദ്രയായിരുന്നു. പിത്തളയില്‍ കൊത്തിയെടുത്ത ഈ മുദ്രയ്ക്കുപകരം സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരിന്റെ മുദ്ര എല്ലാ ഓഫീസുകളിലും ലഭ്യമാക്കി. 

കേരള സംസ്ഥാന രൂപവത്ക്കരണത്തിനുശേഷം തുടങ്ങിയ രജിസ്ട്രാര്‍ ഓഫീസുകളില്‍ സര്‍ക്കാര്‍ മുദ്രതന്നെയാണ് ഉപയോഗിച്ചിരുന്നത്. അതിനു മുമ്പുള്ള ഓഫീസുകളിലാണ് പഴയ രാജമുദ്രയും. സര്‍ക്കാരിന്റെ അടിയന്തര നിര്‍ദേശം കഴിഞ്ഞ ദിവസം എത്തിയതിനെത്തുടര്‍ന്ന് രജിസ്‌ട്രേഷന്‍ വകുപ്പ് അധികൃതര്‍ പഴയ മുദ്ര തിരിച്ചെടുത്ത് സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരിന്റെ മുദ്ര എത്തിച്ചു.

രജിസ്ട്രാര്‍ ഓഫീസുകളില്‍ ഏകീകൃത മുദ്രയില്ലാത്തതു സംബന്ധിച്ച് ഹര്‍ജി 2010ല്‍ ഹൈക്കോടതിയില്‍ എത്തിയിരുന്നു. എല്ലായിടത്തും ഒരേ മുദ്രതന്നെ ഉപയോഗിക്കാന്‍ നിര്‍ദേശം നല്‍കിയിരുന്നെങ്കിലും പഴയ കാലത്തെ പല ഓഫീസുകളിലും തുടര്‍ന്നും ശംഖുമുദ്ര ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടായിരുന്നു. ഇതാണ് സര്‍ക്കാരിന്റെ നിര്‍ദേശത്തെത്തുടര്‍ന്ന് മാറ്റിയത്.