വിവാദങ്ങള്‍ ശശി തരൂരിനെ വിട്ടൊഴിയുന്നില്ല. ക്രിക്കറ്റിന്റെ പിറകേ പോയി ആദ്യ മന്ത്രി സ്ഥാനം പോലും നഷ്‌ടപ്പെട്ടു. ആരും പ്രതീക്ഷിച്ചിരിക്കാതെ രണ്ടാമതൊരുവട്ടംകൂടി കേന്ദ്രമന്ത്രി പദത്തിലെത്തി. എന്നാല്‍ മന്ത്രിസ്ഥാനം ഏറ്റെടുത്തുകൊണ്ട്‌ തിരുവനന്തപുരം എയര്‍പോര്‍ട്ടില്‍ വന്നിറങ്ങിയപ്പഴേ വിവാദമായി. എല്ലാം ഒന്നു കെട്ടടങ്ങിയപ്പോള്‍ ഇതാ ഹൈക്കോടതി വിധി, ദേശീയ ഗാനത്തെ അനാദരിച്ച സംഭവത്തില്‍ കെസന്വേഷണം തുടരാമെന്ന്‌. വിചാരണ ഒഴിവാക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് തരൂര്‍ സമര്‍പ്പിച്ച ഹര്‍ജിയാണ് ഹൈക്കോടതി തള്ളിയത്.  2008 ഡിസംബര്‍ 16 ന് കൊച്ചിയില്‍ നടന്ന ചടങ്ങിനിടെ തരൂര്‍ ദേശീയഗാനത്തെ അനാദരിച്ചുവെന്നാണ് കേസ്. ദേശീയഗാനം ആലപിക്കവെ എല്ലാവരും വലതുകരം നെഞ്ചിനോട് ചേര്‍ത്തുവയ്ക്കാന്‍ തരൂര്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടുവെന്നും ഹര്‍ജിയില്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയിരുന്നു. ചടങ്ങിന്റെ ദൃശ്യങ്ങള്‍ പരിശോധിക്കണമെന്ന തരൂരിന്റെ ആവശ്യം കോടതി തള്ളിയതിനെ തുടര്‍ന്നാണ് അദ്ദേഹം ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. തുടര്‍ന്ന് വിചാരണ ആറുമാസത്തേക്ക് സ്‌റ്റേ ചെയ്തിരുന്നു.