സുപ്രീംകോടതി വിധിയനുസരിച്ച് ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ ചാരക്കേസില്‍ നമ്പിനാരായണന് സര്‍ക്കാര്‍ 50 ലക്ഷം രൂപ നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കുമെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍. അതേസമയം കേസ് അന്വേഷിച്ച ഉദ്യോഗസ്ഥരില്‍ നിന്ന് തുക ഈടാക്കാമോ എന്ന കാര്യം പരിശോധിക്കുമെന്നും ഇത് സംബന്ധിച്ച് നിയമോപദേശം തേടുമെന്നും അദ്ദേഹം അറിയിച്ചു. അങ്ങനെയെങ്കില്‍ കേരള ചരിത്രത്തില്‍ അത് സുപ്രധാനമായ തീരുമാനമായിരിക്കും. അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥരായ സിബി മാത്യൂസ്, കെ.കെ ജോഷ്വാ, ഡി. വിജയന്‍ എന്നിവരാണ് ചാരക്കേസ് അന്വേഷിച്ചിരുന്നത്. യാതൊരു അടിസ്ഥാനവും ഇല്ലാതെയാണ് ഇവര്‍ കേസ് എടുത്തതെന്നും ശാസ്്ത്രഞ്ജനായിരുന്ന നമ്പിനാരായണനെ മാനസികമായി പീഡിപ്പിച്ചെന്നും സുപ്രീംകോടതി കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. എട്ടാഴ്ചയ്ക്കകം നമ്പിനാരായണന് സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ നഷ്ടപരിഹാരം നല്‍കണമെന്നും നിര്‍ദ്ദേശിച്ചിരുന്നു.

കേരള രാഷ്ട്രീയത്തെ പിടിച്ചുലയ്ക്കുകയും കരുണാകരന്റെ മുഖ്യമന്ത്രി കസേര തെറിപ്പിക്കുകയും ചെയ്ത ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ ചാരക്കേസില്‍ 24 വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് ശേഷമാണ് നമ്പിനാരായണന് നീതി ലഭിച്ചത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അറസ്റ്റ് അനാവശ്യവും മാനസികമായ പീഡനവുമായി ആയിരുന്നെന്ന് സുപ്രീംകോടതി സെപ്തംബര്‍ 14ന് വിധിച്ചു. അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥരായ സിബി മാത്യൂസ്, കെ.കെ ജോഷ്വാ, ഡി. വിജയന്‍ എന്നിവര്‍ക്കെതിരെജുഡീഷ്യല്‍ അന്വേഷണം നടത്തണമെന്നും സുപ്രീംകോടതി പറഞ്ഞിരുന്നു. ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ചാണ് വിധി പ്രസ്താവിച്ചത്. ജസ്റ്റിസ് ഡി.കെ ജയിന്റെ അധ്യക്ഷതയിലായിരിക്കും അന്വേഷണം. അതിന് പിന്നാലെയാണ് പിഴ തുക ഈടാക്കാമോ എന്ന നിയമവശം സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ പരിശോധിക്കുന്നത്. 

ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ (ഇന്ത്യന്‍ സ്‌പേസ് റിസര്‍ച്ച് ഓര്‍ഗനൈസേഷന്‍) യിലെ ഉദ്യോഗസ്ഥരായിരുന്ന ഡോ. ശശികുമാരനും ഡോ. നമ്പിനാരായണനും ചേര്‍ന്ന് മറിയം റഷീദ എന്ന മാലി സ്വദേശിനി വഴി ഇന്ത്യയുടെ ബഹിരാകാശ പരിപാടിയുടെ രഹസ്യങ്ങള്‍ വിദേശികള്‍ക്ക് ചോര്‍ത്തിനല്‍കി എന്നതായിരുന്നു ഐ.എസ്.ആര്‍.ഒ ചാരക്കോസ്. എന്നാല്‍ റഷ്യന്‍ സാങ്കേതികവിദ്യ ഇന്ത്യക്ക് ലഭിക്കാതിരിക്കാന്‍ അമേരിക്ക നടത്തിയ ഗൂഢാലോചനയാണ് ഇങ്ങനെയൊരു കഥക്ക് പിന്നില്‍ എന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.

ഈ കേസ് ആദ്യം അന്വേഷിച്ച സിബി മാത്യുവിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘം ഇതില്‍ കഴമ്പുണ്ടെന്ന് കണ്ടെത്തിയതായി അവകാശപ്പെട്ടുവെങ്കിലും പിന്നീട് നടന്ന സി.ബി.ഐ. ആന്വേഷണത്തില്‍ കുറ്റാരോപിതര്‍ക്കെതിരായി തെളിവുകള്‍ ലഭ്യമല്ലെന്ന് കണ്ടെത്തി കേസ് എഴുതിത്തള്ളുകയാണുണ്ടായത്. ചാരക്കേസില്‍ പ്രതിയായ നമ്പി നാരായണന് ഹൈക്കോടതി 10 ലക്ഷം രുപ നഷ്ടപരിഹാരം അനുവദിച്ചിരുന്നു. അത് മനുഷ്യാവകാശ കമ്മീഷന്റെ നിര്‍ദ്ദേശപ്രകാരമാണ്. 1994 നവം 30നാണ് നമ്പി നാരായണനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. 

ചാരക്കേസ് കെട്ടിച്ചമച്ചതാണെന്ന് സി.ബി.ഐ കണ്ടെത്തിയതിനെ തുടര്‍ന്ന് ആദ്യം കേസ് അന്വേഷിച്ച സിബി മാത്യൂസ്, ഡി.വിജയന്‍. കെ.കെ ജോഷ്വാ എന്നിവര്‍ക്കെതിരെ നടപടി സ്വീകരിക്കണമെന്ന് സി.ബി.ഐ ആവശ്യപ്പെട്ടെങ്കിലും 2005ല്‍ അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന ഉമ്മന്‍ചാണ്ടി അതിന് സമ്മതിച്ചില്ല.